Le 9 février 1923 est considéré comme la date officielle de la constitution de la compagnie d'aviation civile russe. Celle-ci assure en 1922 son premier vol international entre Moscou et Kongsberg (qui faisait alors partie du territoire allemand), suivi par le trajet Moscou-Berlin. Le 15 juillet 1923 est la date du premier vol intérieur régulier entre Moscou et Nijni Novgorod.

Pendant l'époque soviétique, Aeroflot était la compagnie aérienne nationale soviétique et la plus grande compagnie aérienne du monde. L'on estime à plus de 600 000 personnes le nombre d'employés au sein d'Aeroflot en 1992, pour plus de 10 000 avions. Depuis la dissolution de l'U.R.S.S., Aeroflot s'est scindée en 300 compagnies et est devenue une compagnie semi-privée figurant parmi les sociétés les plus rentables du monde.

L'entreprise emploie aujourd'hui plus de 15 000 travailleurs, dont 2 000 ingénieurs de vol et plus de 500 commandants de bord.

En 2006, la compagnie a transporté plus 7 millions de passagers et 145 000 tonnes de fret et courrier.

La flotte d'Aeroflot se compose principalement d'avions de la famille Airbus (modèles A319, A320, A321 et A330) et de quelques Boeing 767. Elle a toutefois prévu d'augmenter sa flotte avec de nombreux appareils de fabrication russe (Sukhoi Superjet 100 et Irkut MS-21) et avec les nouveaux modèles de Boeing 787 et d'Airbus A350.

Cette entreprise possède le plus grand centre de contrôle du trafic aérien de l'Europe de l'Est, ce qui contribue à asseoir sa réputation de compagnie aérienne la plus fiable du monde.